W końcu XIX w. w nowozbudowanej lecznicy psychiatrycznej istniała kaplica. W okresie I wojny światowej szpital przekształcono w koszary wojskowe. Wojsko polskie odremontowało pomieszczenia szpitalne, a w zamian kaplicy postanowiono wybudować kościół garnizonowy. Projekt nowej świątyni przygotował architekt Jan Borowski. Poświęcono plac na budowę, umieszczono kamień węgielny i erygowano garnizonową parafię pod patronatem Św. Stanisława Kostki. Budowa rozpoczęła się w 1938 r. W ciągu roku udało się zbudować jedynie mury i jedną wieżę kościoła. Absolutnie zmieniono początkowy projekt Borowskiego. Niestety, początek II wojny światowej przerwał prace budowlane. Świątyni nie zdążono konsekrować. W czasach okupacji sowieckiej budynek koszar wojskowy znowu przekształcony w szpital psychiatryczny, budynek kościoła stał się magazynami. Budynek także pełnił rolę sali sportowej. Po odzyskaniu niepodległości postanowiono stworzyć drugą parafię w Nowej Wilejce. Po uzgodnieniu działań z władzami szpitala psychiatrycznego, kościół wraz z obok znajdującym się budynkiem przekazano archidiecezji wileńskiej. W 2002 r. decyzją ówczesnego arcybiskupa metropolity wileńskiego Audrysa Juozasa Bačkisa ustanowiono nową parafię NMP Królowej Pokoju i rozpoczęto prace remontowe świątyni i budowę plebanii. 8 października 2005 r. kościół został konsekrowany. 

Świątynia wykonana we współczesnym stylu. W głównym ołtarzu znajdują się drewniane figury Ukrzyżowanego, Maryi oraz pierwszego patrona parafii – św. Stanisława Kostki. Pod wieżą znajduje się kaplica poświęcona NMP Królowej Pokoju. W kościele także znajdują się relikwie Św. Jana Pawła II, którego pomnik ustanowiono w fasadzie świątyni. Szczególną cechą wystroju kościoła są witraże, przedstawiające świętych związanych z Wilnem, oraz świętych szczególnie czczonych na Wileńszczyźnie. Przy plebanii znajduje się figura Św. Stanisława Kostki, a wokół ustanowiono kaplice z tajemnicami różańcowymi. Na parkingu przykościelnym postawiono figurę Św. Krzysztofa – patrona kierowców i miasta Wilna. W 2014 r. kościół stał się centrum nowopowstałego dekanatu Nowa Wilejka.