XIX a. pabaigoje naujai pastatytoje psichiatrinėje ligoninėje atsirado koplyčia. I pasaulinio karo metu ligoninė perkurta į kareivines. Lenkų kariuomenė suremontavo ligoninės patalpas, o vietoje koplyčios nuspręsta pastatyti bažnyčią. Projektą parengė architektas Janas Borovskis. Buvo pašventinta aikštė statyboms, padėtas kertinis akmuo ir įsteigta Šv. Stanislovo Kostkos parapija. Statybos prasidėjo 1938 m. Metų bėgyje spėta pastatyti sienas ir vieną bažnyčios bokštą. Visiškai pakeistas pirminis Borovskio projektas. Deja, II pasaulinio karo pradžia sustabdė statybas. Šventovė nebuvo konsekruota. Sovietinės okupacijos metais kareivinės buvo vėl pertvarkytos į ligoninės patalpas, bažnyčios pastatas tapo sandėliu. Pastatas taip pat kurį laiką buvo naudojamas kaip sporto salė. Po nepriklausomybės atkūrimo nuspręsta sukurti antrą parapiją Naujoje Vilnioje. Po susitarimo su psichiatrinės ligoninės vadovybe, bažnyčios pastatas, kartu su dar vienu pastatu, buvo perduoti Vilniaus arkivyskupijai. 2002 m. tuometinio arkivyskupo metropolito Audrio Juozo Bačkio sprendimu įsteigta nauja Švč. Mergelės Marijos Taikos Karalienės parapija, prasidėjo bažnyčios remonto ir klebonijos statybų darbai. 2005 m. spalio 8 d. bažnyčia buvo konsekruota.

Bažnyčia modernaus stiliaus. Didžiajame altoriuje įrengtos trys medinės skulptūros: Nukryžiuotojo, Marijos ir pirmojo parapijos globėjo – Šv. Stanislovo Kostkos. Po bokštu randasi Švč. Merg. Marijos Taikos Karalienės koplyčia. Bažnyčioje taip pat saugomos Šv. Jono Pauliaus II relikvijos, kurio paminklas pastatytas bažnyčios fasade. Išskirtinis bažnyčios dekoro fragmentas – vitražai, vaizduojantys su Vilniumi susijusius šventuosius, bei šventuosius ypatingu pamaldumu Vilniaus krašte besidžiaugiančius.

Prie klebonijos stovi Šv. Stanislovo Kostkos skulptūra, aplink įrengtos koplyčios su rožinio slėpiniais. Automobilių stovėjimo aikštelėje pastatyta Šv. Kristoforo – vairuotojų ir Vilniaus miesto globėjo – skulptūra. Nuo 2014 m. bažnyčia yra naujo Naujosios Vilnios dekanato centras.